由于我國目前實行的是分稅制財政管理體制，各級財政的支出范圍按照中央與地方政府的事權劃分，因而生態環境財政投入也是由中央財政和地方財政分別給予支持。為了引導地方加大地方環境保護，中央層面設立大氣污染防治、水污染防治專項、土壤污染防治等覆蓋各環境要素的治理資金，通過轉移支付方式給予地方支持，但中央財政支持事項多以補助地方為主，承擔的環境事權相對較少。另外，根據《中華人民共和國環境保護法》，當前環境管理體系奉行的是屬地管理原則，即各級地方政府應對自己所管轄區內的環境質量負責，受地方保護主義干預，中央財政在面對跨區域、跨流域的治污需求時的調控能力較弱，在應承擔環境事權的范疇內未有明確的政策措施。