1991年以前，我國污水排放超標收費標準存在低于污水治理運行費用、收費級差過于簡單以及收費單價與超標倍數不協同等缺陷。為使污水與噪聲排污費征收標準與法規、標準配套，從而加強環境管理，原國家環保局、物價局、財政部于1991年聯合發布《關于調整超標污水和統一超標噪聲排污費征收標準的通知》，調整超標污水排污費和統一噪聲排污費征收標準。與此同時，在排污費征收過程中，一些排污企業排放污水的濃度雖低于國家標準，但其污染排放總量以及對環境的損害程度甚至超過了那些超標排污企業。為解決這一現實問題，原國家計委、財政部于1993年發布《關于征收污水排污費的通知》，對未超標的污水排放企業征收排污費，首次體現總量控制的政策導向。另外，受到工業企業排放SO2影響，酸雨污染也日趨嚴重，對農業、林業及建筑物產生嚴重危害。為加強對SO2排放的治理，同時籌集污染治理資金，1992年我國在一些酸雨污染嚴重并且具有一定經濟承受力的地區進行試點，對工業燃煤SO2排污行為實行征收排污費。1998年發布的《關于在酸雨控制區和二氧化硫污染控制區開展征收二氧化硫排污費擴大試點的通知》（環發〔1998〕6號），擴大了SO2排污費的征收范圍，由原先的“兩省九市”擴大到“兩控區”。同年5月，財政部、原國家計委與原國家環保總局聯合發布《關于在杭州等三城市實行總量排污收費試點的通知》（環發〔1998〕73號），將杭州市、鄭州市、吉林市納入排污總量收費的試點范圍。