1996年，改革開放已近20年，城鎮化相繼在全國各地啟動，城鎮人口數量以每年0.2億人（增速約5%）的速度快速增加，城鎮環境基礎設施成為城鎮化發展的突出短板，也成為環境保護財政投入的重點領域。1996年8月，國務院發布《關于環境保護若干問題的決定》（國發〔1996〕31號）指出完善環境經濟政策，切實增加環境保護投入，在基本建設、技術改造、綜合利用、財政稅收、金融信貸及引進外資等方面，抓緊制訂、完善促進環境保護、防止環境污染和生態破壞的經濟政策和措施。銀行、財政等金融部門積極介入環境保護投融資體制，國外貸款、項目融資方式和證券市場等新的融資渠道不斷挖掘。1998年開始實施以發行國債投資基礎設施建設為重點的積極財稅政策，把城市環境基礎設施建設列為中央財政支持的重點，促進了城市污水和垃圾等環保基礎設施的建設，當年首次增發100億元長期國債，將環保基礎設施建設作為投資重點，次年增發國債600億元，在城市環境基礎設施建設、“三河三湖”污染治理、北京環境綜合整治等重點項目上共投入國債資金138億元，占全部國債資金總額的23%。據統計，1998—2000年，中央財政共發行國債460億元用于城市環境基礎設施建設。2001年使用國債資金28億元在具有代表性的自然生態系統、珍稀瀕危野生動植物的天然分布區、生態脆弱區以及濕地啟動野生動植物保護和自然保護區建設工程。