2003年我國相繼頒布《排污費征收使用管理條例》《排污費征收標準管理辦法》《排污費資金收繳使用管理辦法》，修改了原有排污費管理條例。與原先排污費管理制度相比，新排污費法規的變化是取消原先的“20%排污費用于環保部門自身建設”，規定所征收排污費只能作為環境保護專項資金，實行專款專用，應用領域包括重點污染源防治、區域性污染防治、污染防治新技術工藝的開發示范和應用以及國務院規定的其他污染防治項目。