2007年設立主要污染物減排專項資金，同年12月設立重點流域水污染治理專項資金；2008年設立農村環境綜合整治專項資金，通過“以獎代補、以獎促治”對農村污水垃圾處理等環境保護項目予以支持；2009年設立重金屬污染防治專項資金，重點支持污染源綜合整治、重金屬歷史遺留問題的解決、污染修復示范和重金屬監管能力建設四類項目；2013年設立大氣污染防治專項資金，通過“以獎代補”方式支持重點領域防治大氣污染，同年設立江河湖泊生態環境保護專項資金，重點支持江河湖泊生態安全調查與評估、飲用水水源地保護等江河湖泊綜合治理項目；2015年整合“三河三湖”及松花江流域專項、湖泊生態環境保護專項、江河湖泊治理與保護專項設立水污染防治專項資金，重點支持重點流域水污染防治、水質較好江河湖泊生態環境保護等項目；2016年重金屬污染防治專項調整為“土壤污染防治專項”；2017年設立重點生態保護修復專項資金，支持山水林田湖草保護修復試點項目。截至2019年，基本形成了包括大氣、水、土壤、農村等要素的環境保護專項資金的局面。