訂立合同是當事人就合同內容協商一致的過程，在這個過程中必須經過要約和承諾兩個階段，排污權交易合同也不例外。法律對一般合同的形式要件不以書面為限，但基于排污權交易合同特定的目的性和復雜的技術性，該合同成立的形式要件應該規定為書面形式，另外合同一般應一式三份，除雙方當事人持有外，還需向有關環保部門提交一份，這樣才利于政府和公眾對合同的實施實行有效的監督。

    合同生效之所以具有與合同成立不同的法律意義，主要源于合同成立一般以當事人雙方的意思一致為基礎，僅受雙方當事人意志的影響，而合同生效體現的是法律對合同效力的評價，只能由立法者的意志決定并由國家做出評價。[8]因此，排污權交易合同成立后，還需經過環保部門的審查，環保部門審查合同是否符合環境總量控制原則和不得引起區域環境惡化原則，并通過對其排污源的技術監測核實該單位削減額外污染物的能力。只有通過了環保部門的審查，該合同才能正式生效。但如果國家作為排污權交易合同的一方當事人時，合同的成立和生效是同時發生的，因為此合同無需經過環保部門的審查批準。換言之，在排污權交易制度設計過程中，必須充分尊重市場的主導地位，加快轉變政府職能，將工作重心由直接的行政控制轉變到排污權交易市場培育上來。[9]需要注意的是，排污權交易合同的成立和生效并不意味著排污權的轉讓。排污權是用益物權，屬于物權范疇，因此，排污權的轉讓要遵循物權變動的有關規則，排污權交易合同生效后，合同雙方當事人還需辦理排污權變更登記手續，只有經過變更登記才會發生排污權轉讓的效力，這也符合物權轉讓的一般規則。