各地方碳市場在政策體系、制度設計等方面都有自己的特點和側重點，在碳排放試點的規則、配額發放、核查、報告等相關管理，以及碳配額價格等方面都存在較大差異，要形成建立全國統一清晰、簡單易行的碳交易市場機制存在不小的挑戰。此外，流動性是形成全國統一碳市場的基礎，碳市場作為新興市場目前流動性較低，在全國碳排放權交易市場建立后，如何與各地方碳市場銜接起來實現碳資產的自由流動，形成一個流動性充足的統一碳市場體系也亟須破局。