考慮到前兩階段產生的問題，歐盟委員會在第三階段對碳排放交易體系進行了深度改革，改善了配額供給過剩的情況，使歐盟碳價平穩發展并在后半段不斷提升。在總量設定方面，歐盟委員會建立了統一的配額總量限制制度來代替“國家分配計劃”，將配額設定的權力進行集中以便于歐盟管理，同時規定了每年的配額總量減少1.74%，更重要的是歐盟設立了市場穩定儲備機制（MSR）來應對配額供給過剩的問題。在配額分配方面，歐盟擴大了拍賣分配的比例，要求逐漸以拍賣的形式來取代免費分配，逐步提高企業成本來推動控排企業采取減排措施。在抵消機制方面，歐盟修改了相應的條件，要求用于碳抵消的項目來源于極度不發達國家。多重措施從碳交易的各方面共同發力解決歐盟碳排放配額過剩的問題，并在第三交易期的后半段開始取得了一定的成效。EUA現貨與期貨在第三交易期前半段的價格維持在10歐元左右，到了后半段價格開始走高，控排企業的碳排放成本逐步提高，交易量也逐步攀升，市場化機制的減排作用愈發明顯。

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