到了第二交易期，歐盟對碳交易的規則進行了一定的調整，包括提升配額拍賣比例至10%、排放范圍擴展至歐盟以外的國家、嚴格限制成員國碳排放總量、提高超額排放成本、允許配額結轉至第三交易期使用。這些舉措對提高碳價、促進碳排放權交易起到了積極作用，但是仍存在配額超發的問題，而且CER等碳減排抵消產品的使用使控排企業的減排壓力進一步減小。在兩方面因素的疊加作用下，歐盟EUA現貨與期貨的價格仍較低，但是較第一階段已經開始逐步改善，市場化的減排機制發揮了一定作用。

這一交易期內的兩次大幅下跌的原因分別是2008年的全球經濟危機、2011年的《能效計劃》和歐債危機，金融危機與歐債危機導致市場整體受到影響，EUA現貨期貨同時下跌。《能效計劃》則是導致控排企業紛紛采取節能減排措施，在碳排放減少的預期下，控排企業對碳排額的需求減少，導致EUA現貨期貨的價格與交易量同時下降。