歐盟碳排放交易體系的管理機構主要有歐盟委員會、各成員國政府、洲際交易所、歐洲能源交易所。歐盟委員會負責制定碳交易相關的法律法規，為碳交易體系提供底層法規支持，系統設計碳交易流程。各成員國政府負責對成員國內的碳排放進行核算、制定控排企業名單、參與配額分配等。洲際交易所和歐洲環境交易所負責碳交易市場的交易，包括一級市場和二級市場的搭建、為交易主體提供交易服務等。