目前綠證交易和碳交易還是兩個獨立的市場，但是未來可以有效融合。新能源電力應該是碳排放交易中能夠最精確計量和核查的參與方，每1兆瓦時新能源電力減少的二氧化碳排放基本是一個確定的量，綠色電力證書記載了新能源電力的全部屬性信息，是天然而且非常精確的二氧化碳減排衡量方式，與未來的碳減排交易體系可以形成天然的銜接。特別是未來新的CCER機制建立起來之后，承擔碳配額的責任方需要通過消費綠色電力來完成部分減排配額，綠色電力證書就是天然的媒介。

 

但是二者在具體的任務上也有所區分，綠色證書交易解決的是綠色電力消費的確權問題，碳排放市場解決的是溫室氣體排放的問題。在我國碳排放權交易機制設計的過程中，只需要明確綠色證書背后所代表的減排權益的歸屬即可順利地參與碳排放權交易。在歐洲很多國家，碳減排交易和可再生能源綠色證書交易也是長期并存，對推動清潔能源發展都發揮了重要作用。未來新能源的綠色電力屬性由綠證交易市場進行，化石能源的溫室氣體排放成本由碳交易市場進行，電力市場就完全回歸其本源目的，進行純粹的電力商品的交易。三個市場相互分離，但又彼此支撐，分別具有不同的規則和職能，就有效避免了多目標導向下市場交易規則的混亂。