成本可以包括直接成本和間接成本。碳稅的直接成本應該被界定為企業為減排而付出的經濟成本。直接成本一般為企業為控制減排所采用的新技術的投資成本，或為繳納稅收和購買排污許可證等產生的直接成本；間接成本可以包括減排機構和制度的建設及運行成本，監督成本，談判成本，交易成本等。

 

從直接成本方面，二者比較起來，碳交易制度的企業總減排成本比較低。而碳稅的企業減排成本就是為碳稅而繳納的稅收。不能實現總的企業減排成本最小化。但是從長期來看，碳稅可以形成穩定的能源價格預期。

 

從間接成本方面，碳交易體系本身的運作成本很高。碳交易體系本身極其復雜，確定初始排放限額，以及如何分配限額，交易機制和機構的建立，相關的監督措施等等。體系本身的完善需要大量投入，特別是初期的啟動成本高。相關的監測、監督評估體制機構的建立和運行，碳排放權分配造成的談判成本等都不可忽視的。從監測來說，監測活動會產生很大成本。從監督來說，必須采取強制措施保證各排放個體的排放量。這就需要有強制力的約束體系，而設立相關監管機構，制定實施懲罰措施等，都會造成巨大的成本。碳交易的完成需要跨越一定時間長度，為保證碳交易順利完成，必須對交易雙方的后續活動進行監督以強制其履行義務，這也造成了監督成本。

 

碳稅由于可以依托現有稅收體制，方便快捷，實施成本較低。碳稅計量相對簡單，可操作性強。碳化石燃料的分布主要集中在煤、石油、天然氣上，開采或進口多集中在少數地域和少數公司，可以直接在開采提煉或進口的環節，對公司征碳稅，十分便捷。同時，碳稅回避了絕大多數的排放分配權上的爭議。