為避免政策阻力,中國碳市場初期也要以免費分配作為主要配額分配制度,但應吸取歐盟碳市場初期采用“祖父法”導致虛報歷史數據的教訓,積極發動各行業專家研究以基準線法為主的初期分配方案,確保配額分配的相對公平,并最終實現以拍賣為主的配額分配制度。此外,還要結合我國實際,配額分配除了要滿足碳強度下降指標,還要充分考慮經濟增速變動、能源和產業結構調整等因素,并根據不同行業的發展規劃,使配額分配向鼓勵發展的行業傾斜。