氫能既然有這么多優點，那么使用氫存在危險嗎？任何燃料總是有一定的危險性，氫能作為燃料也不例外，但氫燃燒起來以后沒毒，不像有毒的氣體會把人熏倒。在燃料的爆炸性方面，氫的擴散速度是汽油的12倍，燃燒后會很快擴散開，可能一下子一股火躥上去，但是它不會引起其他更加嚴重的后果。我們做了一個測試，在汽油和氫燃料汽車分別燃燒著火的條件下，氫一燃燒，會冒一股火上去，但擴散很快，很少殃及汽車的其他部位；而汽油來不及擴散，會蔓延燃燒其他地方，造成整輛車被燒毀。所以從安全性來說，氫比汽油還稍微安全一些。當然，氫既然是燃料，還是比較危險的，特別是在開始的推廣時期，比如19世紀用氧就很危險，但等所有的規則定好以后，大家就可以比較安心使用了。所以氫系統的建立就要制定絕對安全的氫運行規則，如果制定好制氫、運氫、加氫、儲氫的規則標準，按照整個用氫規則來使用，危險就能控制，安全性就會大大提高。比如，氫能在日本應用比較廣泛，市場推廣方面也具有領先優勢，在日本不少加氫站和加油站布局在一起，只有一墻之隔，旁邊就是社區。可見，如果技術和標準研發好、制定好，氫的危險性就會得到控制。

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