如何交錢
正如前文所介紹，”航運公司“（或由船管公司代繳）需要向歐洲主管部門交納碳配額（EUA）到指定的賬戶中，每排放一噸二氧化碳交納一個碳配額（EUA）。目前歐盟碳配額
價格約為90歐元（約90美元）。這意味著當航運業碳排放100%納入EU ETS后，航運公司每消耗1噸燃料，成本需要上升約300美金。
歐盟將根據成員國對所有航運公司進行劃分。結合過去4年MRV系統收集的靠港情況，靠泊哪個國家港口最多，這家”航運公司“就由哪個國家監管。第一次來歐盟地區的船舶或航運公司，第一次靠的哪個國家港口，便由哪個國家進行監管。
單艘船未能在截止日期前交出配額可能會影響整個船隊的合規性。未能交出配額的公司將被處以每噸二氧化碳 100 歐元的超額排放罰款，并且仍然有責任交出所需的配額。連續兩個或更多期不遵守規定可能會導致該公司的所有船舶在歐盟地區被禁止貿易、航行。
碳配額（EUA）這一制度類似股票，可以在歐洲能源交易所 (EEX) 進行購買，也可以在二級市場進行
買賣流通。事實上，航運公司不必真正等到2025年9月30日才掏錢，可以在現在便進行財務準備，進行碳配額（EUA）期貨的投資。
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