CBAM清繳義務由進口商承擔。進口商要在所屬的歐盟成員國內向CBAM主管機關注冊登記，經批準后成為“注冊進口商”才能進口相關產品。每一個歐盟成員國分別設立CBAM注冊系統和數據庫，每一個注冊進口商都在本國的CBAM系統中有一個獨立的賬戶。

 

根據現有的CBAM規則，CBAM并不是在產品進口環節逐筆征收，而是在第二年的1-5月期間統一征收。因此，CBAM證書也是按年度統一結算。具體而言，注冊進口商需要在每年 5月31日之前，將上一年度按類統計的進口產品的總量（電力產品以兆瓦時表示，其他貨物以噸表示）、每類產品的總碳排放量、扣除進口產品原產國已支付的碳價和免費排放配額后應繳納的與前述排放量相對應的CBAM 證書數量向本國CBAM主管機關進行申報。同時，向本國CBAM主管機關繳納與其申報且經過核查的排放量相當的CBAM證書。

 

為防止進口商在5月底集中購買CBAM證書以及保證進口商持續具有履行義務的能力，歐盟要求進口商確保每季度末其賬戶下CBAM證書數量均不低于年初以來根據排放強度默認值計算的進口產品碳排放量的80%。