在配額考核和綠色證書交易機制下，與原本的標桿電價政策相比，新能源發電項目必然會面臨收益的不確定性增加的問題，但這也是市場化改革的題內應有之義。

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隨著電力市場化改革的深入推進，全面取消各類電源發電量計劃和標桿電價政策后，電源投資的不確定性都將大大增加，政府只需要維護市場公平競爭和確保節能低碳調度即可。因此，未來新能源企業可以充分利用中長期成本相對固定可控的優勢，利用中長期合約和現貨市場交易兩個市場來確保電價回收，同時也可以積極考慮利用綠色電力證書和碳排放權交易市場，將環境外部性收益通過中長期合同及時鎖定，如果市場機制建設的方向不錯，未來新能源項目收益的確定性將大大超過化石能源發電項目。

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同時，市場化的機制也有利于具備技術和資金實力的企業通過良性的市場競爭進一步擴大市場份額。但必須說明的一點是，監管部門要做好調度交易規則設計和相關監管工作，確保低碳能源優先上網，充分發揮新能源邊際成本較低的優勢增加低碳能源供給。