經濟理論認為金融市場的適度的流動性能夠促進市場交易，是發揮市場的價格發現功能和運作效率的必要前提。從實踐來看，碳交易市場也是如此。國內多名學者指出，中國碳市場流動性較差，交易量集中在履約窗口期，而在平時交易較少。以北京試點2017年交易情況為例，北京的履約窗口期為每年的6月1日-6月30日。在該期間，北京試點碳交易量為951459噸，而全年的交易量為2323443噸，窗口期占了全年交易量的40.95%。臨近窗口期交易數量大幅增加，帶動價格的劇烈波動。另外，由于各試點間政策，核算方式等差異，試點間的流動性更差，幾乎形成了區域壁壘，這對建立全國統一碳交易市場帶來了巨大挑戰。