另一方面，阻礙綠色供應鏈的因素有五：

 

　　一是企業負擔增加。綠色供應鏈雖能提高資源效率、降低成本，但廢物回收處理費用大，往往收不抵支。二是信息不對稱。企業決策總要從自身利益最大化出發，希望上下游企業更多采用綠色工藝，使自身產品達到綠色標準而付出的成本最小化。三是技術支撐不足。綠色產品開發和廢物處置技術有待提高，各國環境標準不同、制度不銜接，無法跨境執法監督。四是文化差異，“道不同不相謀”。如果雙方沒有互相理解的文化，是很難合作的;即使合作，也會因管理成本過高而失敗。