從國情及環境保護實際形勢出發，目前我國建立生態補償機制的重點領域有4個方面，分別為:自然保護區的生態補償。要理順和拓寬自然保護區投入渠道，提高自然保護區規范化建設水平；引導保護區及周邊社區居民轉變生產生活方式，降低周邊社區對自然保護區的壓力；全面評價周邊地區各類建設項目對自然保護區生態環境破壞或功能區劃調整、范圍調整帶來的生態損失，研究建立自然保護區生態補償標準體系。

 

重要生態功能區的生態補償。推動建立健全重要生態功能區的協調管理與投入機制；建立和完善重要生態功能區的生態環境質量監測、評價體系，加大重要生態功能區內的城鄉環境綜合整治力度；開展重要生態功能區生態補償標準核算研究，研究建立重要生態功能區生態補償標準體系。

 

礦產資源開發的生態補償。全面落實礦山環境治理和生態恢復責任，做到“不欠新賬、多還舊賬”；聯合有關部門科學評價礦產資源開發環境治理與生態恢復保證金和礦山生態補償基金的使用狀況，研究制定科學的礦產資源開發生態補償標準體系。

 

流域水環境保護的生態補償。各地應當確保出界水質達到考核目標，根據出入境水質狀況確定橫向補償標準；搭建有助于建立流域生態補償機制的政府管理平臺，推動建立流域生態保護共建共享機制；加強與有關各方協調，推動建立促進跨行政區的流域水環境保護的專項資金。