環保部環境規劃院環境經濟部主任葛察忠認為：對環保部和省級環保部門影響較小，對基層環保部門影響較大，主要體現在兩方面。
首先，《征求意見稿》提出環保稅將由稅務征收、環保協同，這意味著環保部門部分職能將發生轉移。過去由環境監察執法隊伍負責的排污收費職能，將轉移到稅務部門，環保部門可以將騰出來的人力和物力充實到一線的環境執法上去。因此，排污費改環境稅將可以節省部分環保行政資源。
同時，環保部門也要配合稅務部門進行協同，即在稅務機關發現納稅人有申報數據明顯不實、逃避納稅等行為的，可提請環保部門審核納稅人的污染物排放情況。這對環保部門提出了新的要求。
其次，基層環保部門的很大一塊資金來源沒有了，尤其是市級和縣級環保部門。2003年的《條例》規定排污費必須納入財政預算，列入環境保護專項資金進行管理，主要用于重點污染源防治、區域性污染防治、污染防治新技術、新工藝的開發、示范和應用以及國務院規定的其他污染防治項目的撥款補助或者貸款貼息。 內-容-來-自；中_國_碳_0排放￥交-易=網 t an pa i fa ng . c om
盡管如此，但是地方都按照此前的慣性，將環保能力建設和部分人力開支以項目的形式納入排污收費資金使用盤子。后來，財政和環保部門通過完善中央環保專項資金項目申報指南的方式，又重新為環保自身建設可以使用排污費開了政策的口子，帶動了地方一批相關政策的出臺。所以，排污收費對基層環保部門而言非常重要，不僅可以用于自身能力建設，還可以用于確因工作需要而產生的超編人員的工資。在排污費改稅之后，這部分收入就沒有了，需要新的渠道去填充。
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