正如前文所述，清潔發(fā)展機(jī)制對(duì)可持續(xù)發(fā)展是否有利現(xiàn)在仍然存在爭(zhēng)議，根據(jù)一位分析師的說法：“很明顯，即使是在CDM項(xiàng)目初期的準(zhǔn)備階段，投資者的最大利益與CDM項(xiàng)目的可持續(xù)發(fā)展目標(biāo)之間就存在著互相制約的關(guān)系，后者最有可能通過再生能源等項(xiàng)目計(jì)劃來實(shí)現(xiàn)，而此類計(jì)劃又有助于在發(fā)展中國(guó)家籌措必要的能源基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)的投資，但此類項(xiàng)目對(duì)于投資者來說成本過高，相比之下，一些減排潛力大的項(xiàng)目，如氟化氣體削減項(xiàng)目，它們并沒有多少可持續(xù)發(fā)展前景，但是卻能夠提供最小成本的京都減排單位。”

在92個(gè)正在審核或已經(jīng)注冊(cè)的項(xiàng)目中，兩個(gè)HFC23項(xiàng)目就占到了預(yù)計(jì)的經(jīng)核證減排量CERs總量的30％，HFC和土地利用項(xiàng)目將占到經(jīng)核證減排量CERs總量的3/4。項(xiàng)目類型上，大部分的項(xiàng)目都是關(guān)于水電、生物能和垃圾填埋地轉(zhuǎn)化能源的項(xiàng)目，只有三個(gè)節(jié)能項(xiàng)目，一個(gè)能量分配項(xiàng)目，沒有太陽(yáng)能項(xiàng)目。

這些類型的項(xiàng)目之所以具有吸引力，是因?yàn)樗鼈兊耐顿Y比其他項(xiàng)目（例如可再生能源項(xiàng)目的投資）的投資小；能夠產(chǎn)生更多的信用額（因?yàn)轫?xiàng)目所要替代的氣體比CO2的溫室效應(yīng)更大）；并且它們可以迅速有效的替代現(xiàn)有設(shè)備。還有一個(gè)方面就是，這些項(xiàng)目可以通過很低的成本優(yōu)勢(shì)進(jìn)入市場(chǎng)，大大降低了經(jīng)核證減排量CERs的市場(chǎng)單價(jià)，這就使得其他類型的項(xiàng)目無法實(shí)施。這些項(xiàng)目主要集中在巴西和印度，只有一個(gè)項(xiàng)目是在非洲。因?yàn)檫@些較大的國(guó)家具有較穩(wěn)定的投資環(huán)境和更好的管理能力，理所當(dāng)然的他們也就更能吸引以獲利為目的的投資者。

小項(xiàng)目在實(shí)現(xiàn)“發(fā)展紅利”方面更為有效，這點(diǎn)被人們普遍認(rèn)知，但交易成本高，漫長(zhǎng)的官僚程序讓這些小型項(xiàng)目在清潔發(fā)展機(jī)制下難以發(fā)展。盡管清潔發(fā)展機(jī)制執(zhí)行理事會(huì)已采取了特殊的規(guī)則以鼓勵(lì)小規(guī)模工程，其中涉及降低注冊(cè)費(fèi)及證件和審計(jì)程序的簡(jiǎn)化，即使如此，小型項(xiàng)目的成本仍然相當(dāng)高。