由于經濟-能源-環境-氣候系統的整體性和強關聯性，對一個子系統的發展目標規劃及政策干預需充分考慮對其他相關子系統的直接和間接影響，將經濟可持續發展與應對氣候變化、保證能源安全及改善環境質量目標有機結合起來。我國當前的能源環境政策體系中除了為實現碳減排目標而建立的碳市場外，還包括其他政策目標與相應政策工具：節能目標與能效政策，可再生能源目標與可再生能源支持政策，大氣污染防治目標及相應的政策措施等。如“十二五”期間，我國關于能源、資源環境的約束性指標包括單位GDP 的碳排放下降17%，單位GDP 能耗下降16%，非化石能源比重提高至11.4%，二氧化硫排放量、COD 下降8%，氨氮和氮氧化物排放量下降10%，同時隨著霧霾問題的加重，很多地方又進一步把PM2.5 作為重要的控制指標。上述每個政策目標往往伴隨著相應的政策措施，由于這些政策的覆蓋主體范圍存在一定程度的交叉重疊，涉及的市場往往相互關聯，因此多個政策目標并非相互獨立，政策工具之間也存在一定的互動影響。多個政策工具的交叉并行存在相互促進的協同作用，如能效與節能政策在減少能源消費的同時降低了溫室氣體排放與污染物排放，可再生能源政策在增加可再生能源供給的同時替代了化石能源，從而間接減少了溫室氣體排放和污染物排放，減少大氣污染排放的措施也可以減少溫室氣體排放（如清潔能源汽車推廣等）。
 

多個政策工具交叉并行也存在相互抵觸的風險，甚至有可能導致部分政策工具失靈，并增加政策實施的社會總成本。假設一個經濟系統中有6 類排放源（A、B、C、D、E和F），每類排放源的減排潛力及減排成本如圖3 所示。在完全市場條件下，如果我們單純采用碳交易機制來控制碳排放（圖3a），并設定減排目標為OQ，那么在碳市場均衡條件下，碳價格水平為P，社會總的減排成本為A+B+C+D；在第二種情境下（圖3b），引入碳交易機制的同時引入另一種政策工具，如對減排成本較高的排放源E的減排進行補貼，或者對其設定技術標準，從而使排放源E優先減排，排放源E 同時受兩種政策工具的激勵。在總體減排目標保持不變的條件下，新的碳市場均衡價格將降低為P’，同時社會總的減排成本增加為A+B+C+E。