我國排污權交易機制的醞釀起始于1988年的排污權許可證制度，規定水污染物排放指標可以在排污企業間進行交易，當時僅在北京、上海、徐州等約18個大中城市開展了交易試點。1994年起國家環保局在全國范圍內推廣水污染物排放許可證，到1996年底，我國地級以上城市全面實施了水污染物排放許可證制度。

 

而完全意義上的排污權交易的探索則始于1999年。1999年4月，中美雙方簽署了“在中國利用市場機制減少二氧化硫排放的可行性研究”的合作意向書，開展了在中國引入SO2排放權交易的可行性研究，南通、本溪確立為首批試點交易城市。2001年11月江蘇省南通市成功實現我國首例二氧化硫排污權交易，南通天生港發電有限公司有償轉讓1800噸SO2排放權給南通一家大型化工企業，此案例是我國首例真正意義上的SO2排放權交易。

 

總量控制下的SO2排放權交易始于2002年。為進一步擴大SO2排放權交易試點，國家環保總局將山東省、山西省、江蘇省、河南省、上海市、天津市、柳州市等四省、三市納入交易試點，后因我國電力行業是重點排放單位，為減少我國電力行業中SO2的排放，又將華能集團納入試點，形成了“4+3+1”的格局。試點區的選取有其典型的代表性，上海為我國經濟最發達地區之一，山東為SO2排放大省，河南省人口最多，山西省是我國煤炭基地、重工業基地，柳州酸雨問題突出，華能集團擁有全國10%的發電容量。

 

2007年11月10日，浙江嘉興成立了我國第一個排污權交易所，標志著我國排污權交易從場外走進了場內，我國排污權交易走上了規范化和制度化的道路。2008年，天津排污權交易所、北京環境交易所和上海環境能源交易所相繼成立，將SO2、CO2、化學需氧量COD排放權納入交易范圍。2008年12月23日，第一筆基于互聯網的SO2排放指標電子競價交易在天津排放權交易所順利成交，天津弘鵬有限公司以每噸3100元的價格成功競購。2009年，將浙江省納入試點范圍。在SO2排放權交易試點工作實施12年后，2014年8月25日，國務院辦公廳發布《關于進一步推進排污權有償使用和交易試點工作的指導意見》，明文規定了我國要充分發揮市場在環境資源配置中的決定性作用，積極探索建立環境成本合理負擔機制和污染減排激勵約束機制，規定到2015年底前試點區全面完成現有排污單位排污權核定工作，到2017年底基本建立排污權有償使用和交易制度，為全面推行排污權有償使用和交易制度奠定基礎。2017年底，伴隨著《全國碳排放權交易市場建設方案（發電行業）》的發布，我國碳排放權交易市場正式啟動。