生態資產核算需有明確的行政邊界，通常以自然年度為單位進行核算。一般認為，生態資產核算包括直接價值核算和間接價值核算兩個方面，如森林、土地、水、礦產資源實物價值即為直接價值，凈化空氣、涵養水源、固土保肥、固碳釋氧、調洪蓄水等生態服務價值即為間接價值。國內外關于生態資產核算的分類方法暫未有統一的標準，現有研究大多參考生態系統生產總值（GEP）核算或自然資源資產負債表編制的有關要求進行劃分。