海運碳排放量占歐盟碳排放總量的3~4%。為減少海運業碳排放，歐盟決定采用分階段法：第一步是建立一個基于船舶燃料消耗的MRV系統，第二步才是對海運碳排放進行定價。而歐盟僅完成第一步就耗時八年，直至2024年才真正邁出第二步。2024年起，海運排放量將被包含在EU ETS“總量上限”中，該上限會隨著時間推移逐漸降低，以確保所有ETS部門均為歐盟氣候目標做出貢獻。海運部門沒有免費配額，配額繳納期限有所調整。為了確保平穩過渡，海運公司只需在初始階段內遞交部分排放配額。若未按時足額繳納配額，船運公司將被嚴格處罰。以船舶數量看，在初始階段受EU ETS管制的船舶在全球超過5000GT船舶總量中的占比為34%。以船隊運力看，實際受EU ETS管制的集裝箱運力比例超37%。