第三階段在歐盟范圍內實施二氧化碳排放量線性遞減的要求，要求每年減少 1.74% 的二氧化碳排放量，即每年減少 3830 萬的碳配額。到 2020 年，二氧化碳排放量上 限為 18.16 億噸。第三階段的行業覆蓋范圍也逐漸擴大， 從原先的發電、工業、制 造業、航空業，擴增了碳捕獲、碳封存、有色金屬和黑色金屬的生產等。在第三階 段，拍賣的占比明顯增加，約 57%的碳配額為拍賣，剩余 43%為按照基準免費發放。 此外。信用抵消機制進一步趨嚴，2012 年后新產生的信用配額必須來自最不發達國 家的項目，而來自其他國家 CDM 和 JI 項目的信用只有在 2012 年 12 月 31 日之前 注冊和實施才有資格進入二級市場流通。