北京碳市場的交易方式靈活，各類交易參與人可根據自身情況選擇線上公開交易或線下協議轉讓。其中，線上公開交易是指交易參與人通過交易所電子交易系統，發送申報/報價指令參與交易的方式；申報指令分為整體競價交易、部分競價交易和定價交易三種類型。線下協議轉讓是指符合《北京市碳排放配額場外交易實施細則（試行）》規定的交易雙方，通過簽訂交易協議，并在協議生效后到交易所辦理碳排放配額交割與資金結算手續的交易方式。根據要求，兩個及以上具有關聯關系的交易參與人之間的交易行為，以及單筆配額申報數量1萬噸（含）及以上的交易行為必須采取協議轉讓方式。