配額分配制度主要包括免費分配和拍賣分配，免費分配又根據不同的標準分為“祖父法”和“基準線法”，前者是依據企業歷史排放水平進行分配，后者是先確定行業基準，再依據企業的實際產量進行分配。

 

盡管所有理論和實證研究都指出碳配額拍賣分配可以確保系統的高效透明并產生更好的減排效果，但為了減少政策阻力，歐盟碳市場在初期還是選擇主要以免費的方式進行配額分配，同時由于缺少排放數據，分配主要采用“祖父法”。這就意味著，污染者主要根據其歷史排放量就能獲得免費的排放權，歷史排放量越高獲得免費分配的配額越多。顯然“祖父法”違反了“污染者付費”這一基本的公平原則。為此，歐盟從第三階段開始逐步提高配額拍賣的比例，并計劃最終實現100%有償拍賣，同時免費分配的配額主要采用“基準線法”。“基準線法”使得碳排放強度高的設施依據其產量將少分配到配額，這就促使低效的設備要采取措施減少過多的排放，從而解決分配不公的問題。