在行業分配方面，我國應該通過設置行業控排系數來解決配額分配的行業差異性。通過給不同的行業設定不同的減排壓力，系數越大的行業分配越多的配額，才能真正解決這一問題。在區域分配方面，首先應該考慮到區域經濟發展水平的差異，東部經濟發展快、水平高，現以第三產業為主導產業，所以碳配額分配比重應減少；中部地區目前處于以第二產業為主導的快速發展期，能源消耗量大，對配額的需求大；西部地區經濟發展速度較慢，盡管目前碳需求少但是未來經濟發展潛力大，對碳排放也有較大的潛在需求。其次在氣候差異上，南方地區夏季炎熱，北方地區冬季寒冷，碳排放需求量有很強的季節性，所以應該在全國統一分配標準的基礎上考慮差異化分配。