生態補償的方法和途徑很多，按照不同的準則有不同的分類體系。按照補償方式可以分為資金補償、實物補償、政策補償和智力補償等；按照補償條塊可以分為縱向補償和橫向補償；從空間尺度大小可以分為生態環境要素補償、流域補償、區域補償和國際補償等；而補償實施主體和運作機制是決定生態補償方式本質特征的核心內容，按照實施主體和運作機制的差異，大致可以分為政府補償和市場補償兩大類型。