從上世紀80年代以來，中國開始了大規模的生態建設工程，包括防護林體系建設、水土流失治理、荒漠化防治、退耕還林還草、天然林保護、退牧還草、“三江源”生態保護等一系列生態工程均具有明顯的生態補償意義，投入資金有數千億之多。2000-2003年，中央政府用于西部基本建設的國債資金達到2200億元，占同期國債發行總量的37%；中央財政轉移支付額從2000年的53億元，迅速增加到2003年的170億元，4年達到450億元。在中央的基本建設基金中，用于西部的資金從2000年的170億元，增加到2003年的240億元。2000-2003年，中央用于西部扶貧資金是175億元。從區域補償的角度看，盡管這些財政轉移支付和發展援助政策沒有考慮生態補償的因素，也極少用于生態建設和保護方面，但其對西部地區因保護生態環境而犧牲的發展機會成本，或承受歷史遺留的生態環境問題的成本變相給予了一定的補償。天然林保護、退耕還林等六大生態工程也是對長期破壞造成生態系統退化的補償。