在流域的生態補償方面，地方的實踐主要集中在城市飲用水源地保護和行政轄區內中小流域上下游間的生態補償問題，如北京市與河北省境內水源地之間的水資源保護協作、廣東省對境內東江等流域上游的生態補償、浙江省對境內新安江流域的生態補償等。應用的主要政策手段是上級政府對被補償地方政府的財政轉移支付，或整合相關資金渠道集中用于被補償地區，或同級政府間的橫向轉移支付。同時，有的地方也探索了一些基于市場機制的生態補償手段，如水資源交易模式。浙江省東陽市與義烏市成功地開展了水資源使用權交易，經過協商，東陽市將橫錦水庫5000萬m3水資源的永久使用權通過交易轉讓給下游義烏市。在寧夏回族自治區、內蒙古自治區也有類似的水資源交易的案例，上游灌溉區通過節水改造，將多余的水賣給下游的水電站使用。

 

在浙江、廣東等地的實踐中，還探索出了“異地開發”的生態補償模式。為了避免流域上游地區發展工業造成嚴重的污染問題，并彌補上游經濟發展的損失，浙江省金華市建立了“金磐扶貧經濟開發區”，作為該市水源涵養區磐安縣的生產用地，并在政策與基礎設施方面給予支持。2003年，該區工業產值5億元，實現利稅5000萬元，占磐安縣財政收入的40%。浙江還有另外5個市、縣也開展了或將要開展類似的做法。