CCER項目開發流程主要包括6個步驟，依次是項目文件設計、項目審定、項目備案、項目實施與監測、減排量核查與核證、減排量備案與簽發；CDM的項目開發則有項目文件設計、東道國政府審查并批準、項目審定、項目注冊、項目實施與監測、減排量核證、減排量簽發等7個流程。兩者最主要的區別是CDM由清潔發展機制執行理事會（CDM-EB）管理和簽發，而CCER由我國生態環境部（原國家發展和改革委）應對氣候變化司管理和簽發。此外，CDM雙邊項目涉及減排國家認定，在項目審定的同時或前后需要獲得各國主管部門（DNA）的批準函（Letter of Approval）。